燕京神学院与历史上北京各基督神学校有着久远的承继关系。1949年时，北京共有五所公会联合或单独开设的神学院校，即：燕京宗教学院；北京神学院；远东宣教会；圣经神学院；真理学院及香山灵修院。
燕京宗教学院是北京基督教历史最重要的也是最高级的神学教育学府。它的历史要追溯到十九世纪，使北京基督教历史上最早的神学院校之一。1925年燕京大学神科改名为“燕京大学宗教学院”，招收大学本科毕业生读神学研究课程，该学院可以授予学士学位。1926年宗教学院随燕京大学迁入海淀新校址，燕京大学宗教学原历任院长是：刘廷芳（1921—1926），李荣芳（1927），赵紫宸（1928-1941，1946-1950)
1950年2月燕京大学宗教学院与大学部分开，改名为燕京宗教学院，在教育部立案，成为独立的院校。1953年4月，北京神学院，华北联合女子圣道学院，北平圣经神学院并入燕京宗教学院，联合成了燕京协和神学院。1953年9月又有沈阳东北神学院，河南开封浸会华内神学院，圣洁教会圣经学院加入燕京协和神学院。其后又有湖北滠口信义会神学院，湖南长沙圣经学院，神召会真理学院，北京香山灵修院等先后加入了燕京协和神学院。1961年，按照中国基督教第二届全国会议的决定，燕京协和神学院与南京金陵协和神学院合并，燕京协和神学院部分过往南京，留京部分教职员工组成了金陵协和神学院北京研究室。
1983年春，北京基督教开办了北京神学院。1984年，天津基督教会开办了天津神学院。1986年6月，北京、天津、河北、山西、内蒙古、陕西、甘肃、宁夏、青海、新疆十省、市、自治区基督教三自爱国运动委员会联合合办了燕京神学院，北京神学院和天津神学院并入，并于同年9月招收了首届专科生，院址暂设于北京市东单北大街43号。1992年秋，经多方面协商决定，在北京海淀区清河镇附近为燕京神学院另择新址建院，新址占地30亩，已完成修缮的建筑面积3600平方米，为我院东单北大街43号原址的2257平放牧建筑相比，在使用面积，房屋质量，学生活动场地等方面都有较大改善。1997年9月，学员完成了搬迁工作。2002年9月由全国政协市委赵展岳夫妇捐资三百万元人民币，修建学生宿舍楼已经竣工入住。
我院按照政府有关法律，法规和《燕京神学院章程》的规定，贯彻学院办学宗旨，努力培养在政治上拥护中国共产党的领导，热爱社会主义祖国，坚持中国教会“三自”方针，坚持社会主义道路，维护祖国统一和民族团结，蒙召清楚，立志风险，在神学上有较高造诣，品的优良，身心健康的青年传道人。燕京由上述地区两会推荐组成的燕京神学院董事会，1986年以来，召开了五届董事会，历任董事会董事长为：殷继增牧师（1986-1988），刘清芬牧师（1988-1997）和石泽生牧师（1997-2001），现任董事长为孔约翰牧师（2001—）。历任院长为：刘清芬牧师（1986-1988），殷继增牧师（1988-2001年7月），现任院长为于新粒牧师，副院长为张士充先生，齐铁英牧师。
自1986年恢复以来，已有十三届本科班和两届专科班以及五届义工培训班毕业，毕业生总计约400人，其中绝大多数均已回到各地教会事工岗位，成为教会工作的骨干，也有的人还当选为各级人大代表，政协委员。2002-2003学年由四个年级，在校学生73名。
燕京神学院自会恢复以来重视同中国各地教会的联系和同世界各地主内肢体交往，曾经接待了基督教世界性组织及来自世界各地教会的友好人士和团体，通过访问，座谈及进行学术交流加深了互相了解，增京了彼此间友好关系的发展。
燕京神学院设有编辑室，负责《燕京神学志》和《燕京神学志副刊—福杯满溢》的编辑，出版，发行。上述出版物受到了社会和各地教会众肢体的普遍欢迎。
展望未来，燕京神学院会继续追求卓越的研究成果，培养更多的人才，贡献教会于社会。
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